La autoridad máxima de la ANIEI reside en la Asamblea General de Asociados, que está constituida por los representantes de los asociados.
La Dirección de la ANIEI está a cargo de una mesa directiva integrada por un Presidente, Vicepresidente, Secretario de Posgrado, Secretario de Educación, Secretario de Educación Media, Vocal de Posgrado, Vocal de Educación Superior, Vocal de Educación Media, Tesorero y un Coordinador para cada región.
Las Regiones en que la ANIEI divide a la República Mexicana, son las siguientes:
Región 1: Baja California, Baja California Sur, Sinaloa, Chihuahua y Sonora.
Región 2: Coahuila, Nuevo León y Tamaulipas.
Región 3: Aguascalientes, Durango, San Luis Potosí, Querétaro y Zacatecas.
Región 4: Colima, Guanajuato, Jalisco, Michoacán y Nayarit.
Región 5: Guerrero, Hidalgo, Estado de México, Morelos, Puebla y Tlaxcala.
Región 6: Chiapas, Oaxaca, Tabasco y Veracruz.
Región 7: Campeche, Yucatán y Quintana Roo.
Región 8: Área metropolitana de la Ciudad de México.